ドライブ直下(ROOT)にファイルを保存した場合、USBフラッシュメモリのファイル数制限による可能性があります。
例えば、ファイル名を半角英数で8文字、拡張子を3文字で保存した場合、
FAT16のファイルシステムの場合は512ファイル、FAT32のファイルシステムの場合は65535ファイルまでの制限があり、
また、日本語のファイル名を使用されたり、長い名前を使用されると、保存可能なファイル数はさらに少なくなります。
記憶容量が残っているのにファイルを追加できない場合、ドライブ直下に保存しているファイルをフォルダに分けてください。